在代歐奇希斯（以下代歐）變成防御型態與裂空坐持續激戰的同時拉魯斯市廣播系統昭告大家緊急避難市民們聽到廣播后便驚慌疏散代歐此時又變成攻擊型態并對裂空坐釋出攻擊廣播持續呼吁民眾這并非演習而小超則在逃竄中的人群當中大惑不解為何代歐還活著當小超在避難時遇見一只難過的正電拍拍小超一看到神奇寶貝頓時嚇壞了但聽到它的求救聲便鎮靜下來原來它的同伴負電拍拍被陷進垃圾桶里無法掙脫小超決定幫忙當他打開垃圾桶蓋時忽然負電拍拍迫不及待地沖出來小超又嚇壞了不由自主地想要逃離現場這時忽然小卡比獸也從垃圾桶冒出來可憐的小超就這么昏過去了之后小智趕來發現不省人事的小超便用盡方法想把小超叫醒小超蘇醒后卻不高興地嫌小智多管閑事（背景的小卡比獸則撿著垃圾吃）此時小遙、小剛、正太、阿隆、一位女性和兩位雙胞胎女生也趕到而小智正催促小超趕快逃難但小超還來不及動作忽然一束死光射到他們附近的地面把大家嚇得魂飛魄散大家驚魂甫定時小超告知有個地方可以躲難一行人便跟了過去　　小超帶大家來到他之前去的玻璃溫室植物園當小超對植物園的入口讀卡機刷卡時發現讀卡機故障門打不開了正太自告奮勇地用雙手奮力把門扳開當大家為正太喝采時阿隆盯著小智看輕蔑地說小智怎么還待在拉魯斯市里以為他慘敗后早該羞愧地回老家了小智生氣地說要再跟他比一場小遙只得勸架說現在不是時機但這時一旁的兩位雙胞胎女生加油添醋地說她們的哥哥絕不會輸給小智小智質問她們是誰而那位女性解釋那兩位小女生是正太的妹妹們オオドリ（暫：大鳥）和キャサリン（暫：凱薩琳）女性則自我介紹是ヒトミ（暫：小瞳）接下來我們都知道小剛會做出什么反應啦而小勝也立刻拉走小剛的耳朵　　之后阿隆問大家該如何在植物園里打發時間而小瞳則拿出筆記型電腦開始查詢那只DNA神奇寶貝的資料但出乎她意料之外并沒有任何代歐的資料正太則催促她繼續嘗試（背景的小卡比獸正在睡覺）此時小智詢問一臉哀傷的小超怎么了而在其他人的關切下小超開始訴說他四年前的經歷小超仰望著還在激戰的兩只神奇寶貝在大家（除了小卡比獸）的全神貫注下說代歐是從宇宙來的四年前一顆隕石擊中地表而從隕石中迸出那只被倫多博士命名為“代歐奇希斯”的神奇寶貝由于它侵犯了裂空坐的大氣層領域于是大激戰開始裂空坐的破壞死光之后準準地轟碎代歐奇希斯成為零星碎片阿隆對小超的故事懷疑并嗤之以鼻而正太也叫小超別把他們當小孩騙并反問為何代歐現在還活著小超只能回答他不知道　　此時在溫室植物園上空代歐開始復制自己的“影子代歐”分身分身群一看到四處躲藏的驚慌市民居然就開始沖下來擄走市民到不知名的地方去了　　在植物園中小智他們仍藉著小瞳的電腦收聽廣播記者播報現在拉魯斯市被?\罩在代歐所形成的透明罩里無法對外通行并且影子代歐們群仍不停地擄走人們小瞳關掉電腦正太則擔心被困在這里在窗外的影子代歐群不時地逼近把大鳥和凱薩琳嚇哭了忽然一只分身沖破玻璃屋頂進來小超看到趕緊叫大家趕快跑但影子代歐卻已經沖下來了正太叫出水箭龜用高壓幫浦卻對影子代歐無效就在正太納 悶為何無效的時候從背后另一只影子代歐偷襲正太和水箭龜從屋頂破洞把他們擄走了阿隆生氣地叫出火焰雞使出火焰飛踢小智叫皮卡丘用十萬伏特小瞳叫出巨金怪用彗星拳雙胞胎叫出溜溜糖球和雨翅蛾用泡沫光線這些神奇寶貝在對付影子代歐群時小智叫大家趕快逃走阿隆則問小超是否知道緊急出口在哪突然小剛發現他的寶貝球無法打開了其他人也驚覺他們的也不行　　影子代歐又殺出重圍逼近小超害他只好繼續逃躲阿隆叫火焰雞攻擊影子代歐并叫大家別管他而先行逃離阿隆請小遙照顧好他的兩個妹妹但小遙不想丟下阿隆不管此時小剛正著急地想叫醒小卡比獸（居然到這節骨眼還在睡）而火焰雞持續使出上勾拳拖延時間讓小遙她們有時間跑到出口小遙叫正在戰斗的小智他們趕快跑過來但小智他們還是吩咐小遙她們先行離開忽然小卡比獸打了大大的呵欠同時嘴里冒出白光照射整個溫室居然把所有影子代歐給光分解了小智他們便趁機跑向出口離開　　此時在倫多博士的研究實驗室里倫多博士不省人事地躺平助手春野手持電擊棒嘴里假惺惺地感謝倫多博士的努力帶給他不少的方便忘我地盯著水晶球體幻想自己能如何地從中獲得暴利和權勢并掀起神奇寶貝界的大革命這時忽然有人敲門把春野嚇了一跳原來外面是小超和一行人小超則對一行人解釋實驗室是建造在植物園的底下春野這時開門讓大家進去但實驗室里都不見倫多博士的人影小超問春野父親的下落春野騙說倫多博士已經出門找他了小超擔心外面那么危險爸爸會不會有事春野則叫小超不要窮擔心小智打算出去尋找博士但阿隆則叫小智不要貿然行動造成大家的擔心一群人便待在一起等倫多博士回來　　已經晚上了卻仍不見倫多博士的蹤影大鳥和凱薩琳一直喊累喊餓阿隆只好哄她們安靜再等一下此時小卡比獸手拿著三明治走向大鳥和凱薩琳那對雙胞胎以為這只好心的神奇寶貝帶給她們食物卻看到小卡比獸當面把三明治吞掉了兩個女生頓時大哭小智則決定要出外找食物阿隆仍是提醒小智外面的危險但這次小智毅然地跑出去阿隆和其他人只好尾隨　　在外頭可看到影子代歐四處飄移如同在巡邏一般小智他們放低姿態以免被發現并一起計畫找尋食物大作戰當影子代歐暫時離開后大伙便分頭行進而小智、皮卡丘和小剛找到了一臺熱狗販賣機但電源切斷了小智叫皮卡丘使出十萬伏特那臺電動販賣機便一邊啟動一邊播放音樂熱狗不停地掉出來小剛他們就盡可能地抓了一大把忽然小剛把小智壓在地上并叫他不要出聲原來頭頂上飄著一群影子代歐小智他們躲在販賣機后面但機器的音樂卻還在播放影子代歐聽到音樂后往販賣機逼近小智他們則嚇得以為死定了忽然小超和正、負電拍拍從另一頭走出來完全不知道影子代歐的存在分身們立刻沖向小超但正、負電拍拍聯合用了電擊絕招保護小超這時一只影子代歐倏地攫住負電拍拍和小超小智便奮不顧身地抓住那只分身并猛咬它的一只手臂小超便掙脫成功了小智問小超是否安然無恙皮卡丘則持續攻擊其他分身但為數實在太多了小智叫大家趕快逃離但小超仍擔心負電拍拍的安全小剛呼吁他們自身的安全更重要于是他們便逃離現場了他們來到一間開著窗戶的建筑物于是便爬進窗戶躲藏影子代歐群飛掠過來幸好沒有發現小智他們的蹤跡在稍微喘氣后小超發現正電拍拍為它的同伴難過便試著撫摸安慰正電拍拍卻因為幼年創傷的身體排斥反應讓他無法這么做只好對正電拍拍道歉此時皮卡丘在這棟建筑里找到一瓶水讓大家心情好了起來　　之后大家費了一番力氣回到實驗室并一面吃著熱狗一面稱贊多好吃此時阿隆指著小瞳的電腦廣播告訴小智那些被影子代歐擄走的人們（包括火箭隊…和可達鴨）都被帶到不知名的地方小剛對那個特定地方感到奇怪這時忽然聽到倫多博士的聲音原來他從柜子里昏沈地爬出來顯然不知道自己被電昏的事情博士說代歐正在找它的朋友并問大家春野在哪里大家說春野出去了博士環顧四周發現水晶球體不見了小超問父親那是什么倫多博士則回答那球體是代歐奇希斯的另一部份身體之后博士透露原來那球體就是讓代歐再生、復制的關鍵小勝告知春野帶著球體離開了阿隆則猜測原來代歐就是為了找回這球體才返回攻擊大家的　　忽然之前在植物園里的神秘光芒又出現在小超面前和他“談話”小超向大家介紹這是他在植物園認識的朋友之后那光芒形成另一只代歐奇希斯的身影小超告訴父親或許水晶球體還有生機便沖出去尋找后面跟著其他人　　此時在拉魯斯市的偏僻處春野帶著一只箱子瘋狂地跑忽然從兩只神寶的戰斗中射來一束死光在附近的地面爆炸讓春野失去重心并摔倒箱子滾出水晶球體爆炸引發的碎石開始落向春野而這倫多博士的助手就被掩埋了在天空中的兩只神奇寶貝也沒閑著裂空坐開始用身體緊纏代歐讓代歐無法動彈　　小超后頭跟著其他人藉由那個光芒的帶領下繼續向前跑小超現在了解為何代歐奇希斯不想要孤獨并感同身受地決定要成為代歐的朋友其他人也決定幫助小超停息裂空坐與代歐之爭此時春野掙脫瓦礫堆一邊咒罵水晶球體帶來他的麻煩春野這時困惑地找尋水晶球體的下落但立刻信誓旦旦地自信一定能很快找到他拿出遙控器按了鈕激發不遠處的水晶球體射出強光在天空中被裂空坐纏住的代歐往下看到晶體臉上頓時露出憤怒的表情回到地上引導小超的光芒正往水晶球體發出的強光接近小智則興高采烈地說找到了阿隆覺得奇怪為何水晶球體會發出強光大家便蹲下來端詳此時春野出現說水晶球體是他的并伸手準備拿的時候一群影子代歐過來把春野包圍住了阿隆認為它們也是要來拿水晶球體此時小智決定這次要幫助春野…